公式サイトと勝手サイトによって対策方法は異なりますし、公式サイトでもキャリア毎に異なります。

【docomo公式サイト】
iMenu専用の検索エンジンを採用しています。
特徴としては、メニューリストの順位がアクセス数や会員数、などの諸条件によって決められてしまい、iMenu検索にも影響してしまいます。
その為、サイト内のテキストやタグの修正といった、従来のSEO技術だけでは、上位表示が困難になります。

【au公式サイト】
Googleを採用しているため、PCで馴染みの技術が通用します。ただし、公式サイト専用のクローラが情報を収集しているため、外部リンクの効果も限定的となってしまいます。

【SoftBank】
そもそも公式サイトと勝手サイトが混在した結果が表示されてしまいます。
どんなキーワードで検索しても、以下の法則性が見受けられます。

Yahoo!カテゴリに登録されているサイト＞公式サイト＞Yahoo!カテゴリに登録されていないサイト

※公式サイトはYahoo!カテゴリに登録できない。

その為、現状では公式サイトが上位表示しにくい仕様となっていますが、不可能ではありません。
基本的には、PCで馴染みのYahoo向けSEOを行います。

【勝手サイト】
ここでは、docomoとauのGoogleでの話としますが、ezGoogleと同様、サイト内部の最適化が必要となりますが、公式サイトとの決定的な違いは、外部リンク対策の効果が、非常に重要な要素となります。